Franziska Heller lehrt zur Zeit am Seminar für Filmwissenschaft der Universität Zürich. Zuvor war sie FONTE-Gastprofessorin an der Filmuniversität Babelsberg KONRAD WOLF. Ihre aktuelle Forschung orientiert sich vor allem an Methodologien digitaler Film- und Erinnerungskulturen sowie Methoden der Film- und Mediengeschichtsschreibung. In diesem Zusammenhang beschäftigt sie sich auch mit fachspezifischen Open-Access-Publikationspolitiken. Im Bereich Film- und Medientheorie befasst sich Heller insbesondere mit Formen und Politiken aisthetischer Historiografie und historischer Phänomenologie.

Franziska Heller habilitierte sich an der Universität Zürich mit einer Arbeit zur Verfasstheit, Verfügbarkeit und Zirkulation von Bewegtbildern in der digitalen Kultur. Die Studie erschien 2020 unter dem Titel Update! Film und Mediengeschichte im Zeitalter der digitalen Reproduzierbarkeit (verfügbar in Print und Open Access). Zu ihren weiteren Publikationen zählen die Monografie Filmästhetik des Fluiden. Strömungen des Erzählens von Vigo bis Tarkowskij, von Huston bis Cameron (2010), sowie diverse Aufsätze in filmwissenschaftlichen Handbüchern, Sammelbänden und Zeitschriften.